mansion88明升(中国)

  本文列举了微生物菌群多样性分析实验（PCR-DGGE）中常见的引物系列以及DGGE引物的相关数据,包括细菌、放线菌、古菌、真菌。供大家参考。

1.细菌

名称	序列5'→3'	长度/bp	MW	Tm/ºC	RDP匹配情况—非特异
8F	AGAGTTTGATCATGGCTCAG AGAGTTTGATCCTGGCTCAG AGAGTTTGATCMTGGCTCAG	20 20 20	6125	57.8	21114/690149 112729/706103 147961/836814
27F 27FM	AGTTTGATCATGGCTCAG AGTTTGATCCTGGCTCAG AGTTTGATCMTGGCTCAG	18 18 18	5485	55.02	27693/690149 139957/836814 167795/836814
50F	AACACATGCAAGTCGAACG ACACATGCAAGTCGAACG AACACATGCAAGTCGAAC ACACATGCAAGTCGAAC	19 18 18 17			125623/690149 148982/706103 25951/690149 145627/690149
338F	ACTCCTACGGGAGGCAGC	18			482403/706103
341F	CCTACGGGAGGCAGCAG	17	5239	54	561521/836814
357F	CTCCTACGGGAGGCAGCAG	19			481725/706103
517F	GCCAGCAGCCGCGGTAA CAGCAGCCGCGGTAATAC ACTCCTACGGGAGGCAGCAG	17 18 20	5200	54	499021/706103 460959/706103 480068/706103
968F	AACGCGAAGAACCTTAC	17			227055/706103
1055F	ATGGCTGTCGTCAGCT	16			198160/706103
341R	CTGCTGCCTCCCGTAGG	17	5164	54	561521/836814
513R	CGCGGCTGCTGGCACGTA	18			245632/706103
517R	TTACCGCGGCTGCTGGC	17		54	585412/836814
518R	ATTACCGCGGCTGCTGG	17			545228/836814
519R	GTATTACCGCGGCTGCTG	18		53	541216/836814
1066R	ACATTTCACAACACGAGCTG	20			21273/706103 γ-Proteobacteria特异性
1330R	TAGCGATTCCGACTTCA	17			89082/706103
1385R	CGGTGTGTACAAGACCC	17			46267/706103
1392R	ACGGGCGGTGTGTAC	15	4632	56.3	196284/690149
1401R	CGGTGTGTACAAGACCC	17			46267/706103
1492R	ACGGATACCTTGTTACGACTT GTTACCTTGTTACGACTT GCTACCTTGTTACGACTT GHTACCTTGTTACGACTT	18 18	5435	50.5	30582/706103 52362/706103
1495R	CTACGGCTACCTTGTTACGA	20	6045	57.8	10129/690149
1513R	TACGGTTACCTTGTTACGACTT CGGTTACCTTGTTACGACTT TACGGTTACCTTGTTACG ACGGTTACCTTGTTACGA CGGTTACCTTGTTACGAC GGTTACCTTGTTACGACT GTTACCTTGTTACGACTT TTACCTTGTTACGACTT GTTACCTTGTTACGACT	22 20 18 18 18 18 18 17 17			10033/690149 13181/706103 10268/706103 12207/706103 13266/706103 29502/706103 30582/706103 34392/706103 30687/706103
1521R	AAGGAGGTGATCCAGCC	17	5225	57.0	13792/706103

2.放线菌

名称	序列5'→3'	长度/bp	MW	Tm/ºC	RDP匹配情况—非特异
Act243F	GGATGAGCCCGCGGCCTA	18			8519/706103-115
341F	CCTACGGGAGGCAGCAG	17			51252/66797
357F	CTCCTACGGGAGGCAGCAG	19			41992/54945- 439732
Act513R	CCGCGGCTGCTGGCACGTA	19			39303/54945-206008
Act704R	TCTGCGCATTTCACCGCTAC	20			23525/54945-5812

3.古菌

名称	序列5'→3'	长度/bp	MW	Tm/ºC	RDP匹配情况—非特异
A21F	TTCCGGTTGATCCTGCCGGA	20			2899/34593-1
A21F-2	CCGGTTGATCCTGCCGGA	18			4227/34593-1
A21F-3	CGGTTGATCCTGCCGGA	17			4316/34593-1
A25F	CTGGTTGATCCTGCCAG	17			976/34593-0
A109F	ACCGCTCAGTAACACGT ACTGCTCAGTAACACGT ACTGCTCAGTAACACG CTGCTCAGTAACACGT CTGCTCAGTAACACG	17 17 16 16 15			446/33890 4192/33890 4371/33890 4227/33890 4406/33890
A112F	GCTCAGTAACACGTGG	16			9898/34593 -6
A333F	TCCAGGCCCTACGGGG	16			9024/34593-1
A533F	TGCCAGCCGCCGCGGTAA	18			15551/34593-2176
A856F	TAAAAGGAATTGGCGGGGGA	20			34/34593-0
A934R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT GTGCTCCCCCGCCAATTCC TGCTCCCCCGCCAATTCCT GCTCCCCCGCCAATTCCT GTGCTCCCCCGCCAATTC	20 19 19 18 18			17658/34593-15 17758/34593-15 19404/34593-15 19591/34593-19 17815/34593-15
A1354R	TGACGGGCGGTGTGTGCAAG	20			2709/34593-21793

4.真菌

名称	序列5'→3'	长度/bp	MW	Tm/ºC	RDP匹配情况—非特异
NS1F	GTAGTCATATGCTTGTCTC (19~38) CCAGTAGTCATATGCTTGTC (17~36)	19 20		47	8973/279,862 8048
NS2R	GGCTGCTGGCACCAGACTTG (反向，与NS3 互补)	20		58	34765/279,862
NS3F	CAAGTCTGGTGCCAGCAGCC (554~573)	20		58	2656
NS4R	CTTCCGTCAATTCCTTTAAG (反向，与NS5互补)	20		48
NS5F	CTTAAAGGAATTGACGGAAG (1131~1150)	20		48
NS6R	GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC (反向，与NS7互补) CAGACCTGTTATTGCCTC	24 18		57 48
NS7F	GAGGCAATAACAGGTCTG ATAACAGGTCTGTGATGC GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC (1412~1436)	18 18 24		48 46 57	17364
NS8R	TCCGCAGGTTCACCTACGGA (1769~1788) GCAGGTTCACCTACGGA	20 17		56 49	4324
EF4F	GGAAGGGRTGTATTTATTAG GGAAGGGATGTATTTATTAG GGAAGGGGTGTATTTATTAG	20 20 20			2656 3036
fung5R	GTAAAAGTCCTGGTTCC	17			3257
EF3R	TCCTCTAAATGACCAAGTTTG	21
fung	ATTCCCCGTTACCCGTTG	18
FF1	AACTTAAAGGAATTGACGGAAG	22
FR1	GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC	24
ITS1F	TCCGTAGGTGAACCTGCGG	19
ITS4R	TCCTCCGCTTATTGATATGC	20
GC clamp	CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGGCCCGCCGCCCCCGCCCC CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGG	40 40 40			Muzyer

MW=A碱基数×312＋C碱基数×288＋G碱基数×328＋T碱基数×303－61。
R＝A／G，Y＝C／T，M＝A／C，K＝G／T，S＝C／G，W＝A／T，H＝A／C／T，B＝C／G／T，V＝A／C／G，D＝A / G / T，N=A／C／G / T。
古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、广域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、动物和植物。

5.18S rRNA

名称	引物序列	Tm
NS1	GTAGTCATATGCTTGTCTC	49
CNS1	GAGACAAGCATATGACTACTG	55
NS2	GGCTGCTGGCACCAGACTTGC	65
NS3	GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC	65
NS4	CTTCCGTCAATTCCTTTAAG	{62}
NS5	AACTTAAAGGAATTGACGGAAG	55
NS6	GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC	{72}
NS7	GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC	{72}
NS8	TCCGCAGGTTCACCTACGGA	59
TW9	TAAGCCATGCATGTCT
TW10	GCGGTAATTCCAGCTCC
TW11	GGAGTGGAGCCTGCGGCT
TW12	AAGTCGTAACAAGGTTT	53
CTW12	AAACCTTGTTACGACTT	53
NS17	CATGTCTAAGTTTAAGCAA	55
NS18	CTCATTCCAATTACAAGACC	60
NS19	CCGGAGAAGGAGCCTGAGAAAC	74
NS20	CGTCCCTATTAATCATTACG	61
NS21	GAATAATAGAATAGGACG	50
NS22	AATTAAGCAGACAAATCACT	57
NS23	GACTCAACACGGGAAACTC	64
NS24	AAACCTTGTTACGACTTTTA	58
NS25	GTGGTAATTCTAGAGCTAATACT
CNS25	ATGTATTAGCTCTAGAATTACCAC
NS26	CTGCCCTATCAACTTTCGA
CNS26	TCGAAAGTTGATAGGGCAG
NS1.5R	TCTAGAGCTAATACATGC(T/C)G	52
NS2.8R	GGCCCTCAAATCTAAGGATT	53
CNS2.8R	AATTTGCGCGCCTGCTGCAA	57
NS3.2R	CGTATATTAAAATTGTTGAC	45
CNS3.3R	GACTACGAGCTTTTTAACGT	51
CNS3.5R	TTTCGCAGTAGTTTGTCTTA	49
NS3.6R	CAAACTACTGCGAAAGCATC	53
CNS3.6R	AATGAAGTCATCCTTGGCAG	53

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